Markūnai është fshat në komunën e rrethit Trakai, në Qarku Vilnius, Lituania. Markūnai ndodhet në lartësinë 157 m mbi nivelin e detit. Qyteti më i afërt: Vilniusi, 37 km në lindje. Vende interesante përreth: Trakai Island Castle (18,0 km), Vilnius Cathedral (37 km) dhe Basilica of the Visitation of the Blessed Virgin Mary (17,1 km).
Shkruhet edhe Markūnai.